ARTI LOGO
Logo ini diinspirasikan dan dikonsepkan oleh Rm. Antonius Radjabana, OMI dan dirancang awal oleh Gabriel Antonio Nicholas Nara, seorang anak muda yang saat ini sedang duduk di bangku kuliah semester 4. Logo tersebut selanjutnya disempurnakan desainnya oleh Tarissa, seorang karyawan LPK Yos Sokaraja yang beragama Islam. Pada tahap akhir, Logo ini mendapat polesan terakhirnya dari Albert, warga Paroki St. Yosep Purwokerto. Maka, logo ini mengkombinasikan dan menyatukan dua pandangan teologis-spiritual dari dua golongan, muda dan senior, umat dan klerus, awam dan religius, serta umat beragama non Katolik. Beberapa hal yang dilambangkan dalam logo SMAK di atas adalah sebagai berikut:
Salib:
Salib ini bernuansa kekinian anak muda, dengan warna hijau tua, lambang kematangan. Komunitas SMAK Santo Eugenius Purwokerto mesti membawa selalu di dalam dirinya Salib Kristus, menghayati dan mewartakannya dalam suasana kekinian yang kontekstual, dengan tetap berakar pada tradisi panjang Kristiani yang kaya dan mendalam.
Mata tombak:
Ada 6 mata tombak yang berwarna kuning keemasan, yang melambangkan 6 luka Yesus saat menderita penyaliban. Ke enam titik luka Yesus tersebut ada di bagian kepala, tangan kanan, tangan kiri, lambung, dan kedua kakiNya. Komunitas SMAK Santo Eugenius Purwokerto akan tetap menghayati penderitaan Yesus yang bernilai penyelamatan umat manusia dan akan menghayati serta menyatukan penderitaan dunia dan penderitaan masing-masing pribadinya dalam penderitaan Kristus tersebut.
Permata:
Permata yang terletak pada bagian atas Salib melambangkan mahkota pengharapan yang akan didapatkan semua orang beriman yang telah ditebus oleh Kristus. Salib tidak hanya menampilkan kekerasan dan kematian. Namun Salib menampilkan di dalam dirinya pandangan akan pengharapan ke depan, pandangan eskatologis dan maranatha.
Jangkar:
Salib berdiri dalam jangkar sebagai fondasinya. Jangkar adalah lambang akan kekuatan dan fondasi dasar iman Kristiani yang berakar dalam Kristus yang akan menopang setiap pertumbuhan rohani komunitas dalam Kristus dan akan tetap bertahan dalam setiap tantangan zaman. Jangkar memastikan bahwa tantangan zaman yang besar tidak akan menggoyahkan dan menghanyutkan kapal besar, yakni Gereja Kristus sendiri.
Warna:
Warna dominan adalah warna hijau. Warna ini dipilih melambangkan pertumbuhan, kesegaran, dan pengharapan. Komunitas civitas academica SMAK St. Eugenius akan menciptakan suasana yang memungkinkan semua anggotanya bertumbuh sebagai manusia utuh Kristiani yang selalu dapat menyegarkan dirinya dalam pertobatan dan berpengharapan akan masa depan dalam penyelenggaraan Ilahi.
Selain itu terdapat juga warna kuning, warna dari Bendera Vatikan. SMAK. Santo Eugenius Purwokerto adalah komunitas yang tetap setia menjunjung tinggi Hirarki Gereja yang sah, dan siap menjadi wadah komunitas akademik yang menjalankan misi Gereja.
Core Values: Excellent in community and service
Tujuan dari semua kegiatan yang dilaksanakan dalam komunitas SMAK Santo Eugenius adalah membentuk setiap anggota komunitas menjadi orang yang berjiwa komunitas dan bersemangat melayani. Dalam komunitas, setiap orang belajar untuk membentuk dirinya dan seluruh anggotanya untuk menempatkan Yesus sebagai pusat hidup mereka. Yesus yang hidup di dalam pribadi-pribadi serta dalam persekutuan komunitas tersebut harus ditampakkan dalam pelayanan-pelayanan yang baik dan unggul, baik di dalam komunitas itu sendiri maupun di luar komunitas